阵容搭配的核心在于理解羁绊效果的联动性和战斗节奏的掌控。羁绊效果是阵容强化的关键，当特定忍者组合上场时，会触发额外属性加成或特殊技能，例如日向一族的羁绊能显著提升回天技能的防御效果，而忍具天才天天的羁绊可将小队连击率提升至100%。这些效果往往能扭转战局，因此在组建阵容时，优先选择能激活高价值羁绊的忍者组合。需注意羁绊效果的叠加逻辑，避免因过度追求单一羁绊而牺牲阵容的平衡性。
战斗资源的合理分配是另一个需要重点关注的策略点。初始积分应优先用于招募核心忍者，而非盲目刷新商店。忍者星级提升机制要求玩家集中资源培养少数高潜力角色，例如通过重复招募将1星忍者升为3星或6星，而非分散投资多个低星角色。技能升级方面，先攻属性在前期至关重要，能抢占战斗先机；而中后期则需根据战况调整，例如提升阵容容量或增加积分获取效率。经济管理需贯穿整个对战过程，确保每轮资源投入都能转化为即时战力。
阵容的战术适应性取决于对AI战斗逻辑的把握。由于战斗为自动进行，站位和天赋选择会直接影响技能释放顺序和效果。坦克型忍者应前置吸收伤害，而高爆发输出角色需保护在后排。主角切换机制允许玩家根据敌方阵容灵活调整天赋，例如面对控制型阵容时可选择具备解控能力的主角。需预判对手可能的羁绊组合，提前部署反制手段，例如针对高连击阵容时可加入具备闪避或反伤被动的忍者。
