口袋妖怪火红彩虹市的剧情任务主要围绕火箭队基地探索、关键道具获取以及城市内多线任务展开。进入彩虹市后，玩家需先解决火箭队盘踞在游戏厅地下基地的问题，通过击败海报前的火箭队成员并调查海报，可发现隐藏开关并进入地下基地。基地分为B1至B4四层，需逐层探索并击败守卫，最终在B4层击败坂木老大获得希鲁夫观测镜，这是解锁紫苑镇精灵之塔剧情的必备道具。过程中需注意B2层和B3层的迷宫设计，以及从B4层返回B1层使用电梯钥匙的路线规划。
彩虹大厦是另一处关键任务点，玩家需从后门进入大厦顶层获取稀有宝可梦伊布，而正门一楼的老奶奶会赠送茶，该道具用于后续关卡通行。大厦三楼可遇到教授技能返拳的NPC，但该技能仅能学习一次。若玩家集齐全国图鉴后返回大厦三楼，还可从GAMEFREAK开发员处领取荣誉证书。大厦附近餐馆内的大叔会提供代币盒，用于游戏厅的代币兑换系统。
游戏厅除地下基地外，本身也是重要任务场所。与厅内NPC对话并检索地板可获得190枚代币，兑换间可用代币换取迷你龙、飞天螳螂等稀有宝可梦。城市右下方16号道路被小树阻挡的区域，使用居合斩后可进入隐藏房屋获取秘传机02飞翔。彩虹市百货公司顶楼的自动售货机可用不同饮料兑换技能机，如美味之水兑换光墙、塞可汽水兑换神秘护身。
紫苑镇剧情衔接是彩虹市任务的延伸，获得希鲁夫观测镜后需返回精灵之塔六层，识破嘎啦嘎啦幽灵的真身并击败它。该剧情与火箭队基地任务直接关联，若未完成地下基地探索则无法推进。彩虹市池塘边的老爷爷会教授技能生蛋，而城市西侧的地下通道可通往7号路和紫苑镇，形成区域任务闭环。所有任务完成后，彩虹市将作为连接金黄市与浅红市的重要枢纽开放后续剧情线。
